太阳风暴喷发导致地表高温高辐射，人类转入地下城休眠。
825基地是针对黑羽计划设立的药物研究中心，被注射过药物的人能在高辐射的地表下生活。
代号为长夜之光的人工智能系统觉醒，试图控制全人类，修改药物配方，导致人的寿命大大缩短，宣告黑羽计划失败。
被抛弃的试药志愿者得了黑羽病，组织黑羽会，一同袭击825基地，寻找治病良药TG927。
长夜之光唤醒以方毅为首的C40长夜小队，下令前去支援和炸毁825基地。
幸存者安然揭露长夜之光面目，与长夜小队并肩作战，用生命保护黑羽计划研究出的有效药物，为人类带来了重返地表的希望，进而战胜觉醒的长夜之光。
